Marcador de secuencia expresada

Un marcador de secuencia expresada o EST (acrónimo del inglés expressed sequence tag) es una pequeña sub-secuencia de una secuencia nucleotídica transcripta (codificante de una proteína o no). Se pueden usar para identificar genes que se transcriben y en el descubrimiento de genes, y para determinación de secuencias.^[1] La identificación de los EST ha progresado rápidamente, con aproximadamente 52 millones de ESTs disponibles en las bases públicas (ej. GenBank mayo de 2008, todas las especies).

Los EST son producidos por una ejecución de secuenciación sobre un ARNm clonado (por ej. secuenciando varios cientos de pares de bases de de un extremo de un clon de cDNA tomado de una biblioteca de ADNc). La secuencia resultante es un fragmento de baja calidad, generalmente de 500 a 800 nucleotidos, que es la longitud de secuenciación de los secuenciadores automaticos más habituales. Como esos clones consisten en ADN que es complementario al ARNm, los ESTs representan porciones de genes expresados. Se puede presentar en las bases de datos tanto como secuencia de ADNc/ARNm o complemento reverso de ARNm, la cadena molde.

Los EST pueden asignarse a ubicaciones específicas del cromosoma utilizando técnicas de mapeo físico, tales como el mapeo híbrido por radiación o la hibridación fluorescente in situ (FISH). Por otra parte, si el genoma del organismo que se originó la EST se ha secuenciado se pueden alinear las secuencias EST con que este genoma. El entendimiento actual de los genes del genoma humano (2006) incluya la existencia de miles de genes basados solamente en evidencia de EST. En este sentido, los EST se convierten en un instrumento para afinar la transcripciones predichas de esos genes, lo que lleva a la predicción de sus productos proteicos, y finalmente, de su función. Además, la situación en la que se obtienen los EST (tejido, órgano, estado de enfermedad - por ejemplo, cáncer) proporciona información sobre las condiciones en las que el gen correspondiente está actuando. Los EST contienen suficiente información para permitir el diseño de sondas precisas para Chips de ADN que luego se pueden utilizar para determinar la expresión de genes.

Algunos autores usan el término "EST" para describir genes de los que no se tiene mucha información.^[2]

Una revisión de la importancia de EST, sus propiedades, métodos para analizarlos y sus aplicaciones en distintas areas de la biología están analizados en este articulo.^[3]

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Fuentes de los datos y anotaciones

dbEST

dbEST es una división de Genbank creada en 1992. Como GenBank, los datos en la dbEST son enviados por lo laborarios del mundo y no está curada (corregida).

Referencias

1. ↑ Adams MD, Kelley JM, Gocayne JD, Dubnick M, Polymeropoulos MH, Xiao H, Merril CR, Wu A, Olde B, Moreno RF, et al. Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project. Science. 1991 Jun 21;252(5013):1651-6. PMID:2047873
2. ↑ dbEST
3. ↑ Nagaraj, Shivashankar H, Gasser, Robin B, and Ranganathan, Shoba. A hitchhiker's guide to expressed sequence tag (EST) analysis. Brief Bioinform 8 (2007 Jan): 6-21. article

Enlaces externos

• ESTs Factsheet from NCBI, a good and easy to read introduction to ESTs.
• The NCBI Handbook, Part 3, Chapter 21 has a very nice overview.
• ECLAT a server for the classification of ESTs from mixed EST pools (from fungus infected plants) using codon usage.
• The current number of EST sequences in the GenBank division dbEST.
• Web Resources for EST data and analysis
• http://icb.med.cornell.edu/crt/tissueinfo/ TissueInfo project: Curated EST tissue provenance, tissue ontology, open-source software.