Folding@home

  Folding@home es un proyecto de computación distribuida diseñado para realizar simulaciones por ordenador de plegamiento de proteínas, principalmente utilizando la técnica de dinámica molecular. Fue iniciado el 1 de octubre de 2000 y está actualmente dirigido por el Grupo Pande, en el departamento de Química de la Universidad de Stanford, bajo la supervisión del profesor Vijay S. Pande. Folding@home es el proyecto más grande de computación distribuida en el mundo reconocido por el Guiness World Of Records. El 8 de marzo de 2004, el proyecto genome@home concluyó y fue fusionado con folding@home.

Conocimientos adicionales recomendados

Procedimientos normalizados de trabajo (PNT) para la comprobación de balanzas

Cómo realizar un pesaje correcto

Cómo comprobar rápidamente el rendimiento de las pipetas

Relevancia del proyecto

Las simulaciones precisas de cómo se pliegan las proteínas permiten a la comunidad científica comprender mejor el desarrollo de muchas enfermedades, como el alzheimer, la fibrosis quística, la enfermedad de las vacas locas o el cáncer. Hasta el momento, el proyecto folding@home ha tenido éxito simulando el plegamiento en un rango de 5-10 microsegundos, una escala de tiempo miles de veces más larga de lo que había sido posible anteriormente.

Muchos artículos de investigaciones científicas han sido publicados usando el trabajo del proyecto: [1]

Cómo funciona

Folding@home no depende de potentes supercomputadoras para procesar los datos; en vez de ello, los principales contribuidores al proyecto son los miles de participantes voluntarios de ordenadores personales que han instalado un pequeño programa cliente. El programa, disponible para Windows, Linux, Mac OS y PS3 se ejecuta con una prioridad mínima, por lo que solamente utilizará los recursos no requeridos por ningún otro proceso. En la mayoría de los ordenadores modernos, muy pocas veces se usa la CPU al 100% de capacidad, por lo que folding@home utiliza la capacidad no utilizada.

El programa cliente de folding@home se conecta periódicamente a un servidor para descargar "unidades de trabajo", que son paquetes de datos con los cuales realizar los cálculos. Una vez se termina un paquete, tarea que puede llevar entre unas horas o unos días, se envían los resultados al servidor y se descarga otra unidad de trabajo nueva. Como la integridad de los datos es un asunto de vital importancia en los proyectos de computación distribuida, todas las unidades de trabajo son validadas con una firma digital de 2048 bits.

El cliente folding@home utiliza versiones modificadas de cuatro programas de simulación molecular: Tinker, Gromacs, AMBER, y QMD. Estos programas realizan simulaciones de dinámica molecular y química computacional.

Los participantes en folding@home pueden usar un nombre de usuario para mantener un registro de sus contribuciones. Cada participante puede usar una o más CPUs, por ejemplo, una persona con dos ordenadores en su casa, puede ejecutar el programa en ambos. Un grupo de usuarios pueden crear un equipo, de forma que otros participantes puedan unirse a ellos. A los participantes se les asigna una puntuación, en función de la cantidad y complejidad de las unidades de trabajo completadas. Las clasificaciones y estadísticas se pueden ver en el sitio web de folding@home.

Progreso y futuro

En febrero de 2006, más de 220 000 CPUs están participando activamente (se consideran CPUs activas aquellas que hayan enviado datos en los últimos 50 días), y hay más de 1 500 000 CPUs registradas. Esta cantidad de participantes convierte a folding@home en uno de los más potentes proyectos de computación distribuida en el mundo, capaz de soportar un rendimiento de más de 210 teraFLOPS. Poco después de sobrepasar la cifra de 200 000 CPUs activas el 20 de septiembre de 2005, el proyecto folding@home celebró su 5º aniversario el 1 de octubre de 2005.

Existe todavía cooperación entre folding@home y Google Labs, en la forma de Google Compute. Sin embargo, con la nueva barra Google, esta plataforma no sigue estando soportada, aunque hay antiguas versiones que todavía funcionan: [2]

La investigación actual se centra en mejorar la potencia computacional utilizando la GPU del ordenador, además de la CPU. Se pueden encontrar noticias sobre el porte de folding@Home a GPUs en el FAQ del High performance client de la página de proyecto. Tests recientes hablan de que son posibles ganancias de rendimiento de hasta 40 veces una CPU Intel Pentium 4, aunque claro, todo esto depende de la GPU utilizada.

Folding@home está actualmente desarrollando una versión BOINC con la esperanza de atraer a un rango más amplio de participantes.

Véase también

• Dinámica molecular
• Química computacional
• Química cuántica

Enlaces externos

• Página oficial en castellano
• Página oficial en inglésbe-x-old:Folding@home