SuperSAGE es la más avanzada técnica derivada del convencional SAGE (Análisis en Serie de Expresion Génica “Serial Analysis of Gene Expression”) para análisis de expresión en eucariotes. Como en SAGE, un fragmento específico, conocido como “tag”, es recuperado de una población de mRNAs (transcriptos). Por medio de la secuenciación y conteo masivo de miles (o millones) de tags, es posible deducir que genes se expresan y en que proporción en un organismo. SuperSAGE utiliza la enzima endonucleasa tipo III EcoP15I de el fago P1 para cortar fragmentos de ADN de 26 pares de bases (pb) en cada transcripto. Comparado con técnicas predecesoras como SAGE y LongSAGE, existe una diferencia de por lo menos 6 pb respecto a los “tags” anteriores. El tamaño del “tag” derivado de SuperSAGE permite fácilmente la identificación del transcripto del cual ha sido derivado, incrementando con cada par de bases considerablemente la precisión en el proceso de anotación (BLAST). Conocimientos adicionales recomendadosComo en la técnica original (SAGE),pares de “tags” conocidos como “ditags” se ensamblan por medio de ligación de extremos romos de ADN. Sin embargo, el sesgo observado en la técnica LongSAGE debido a este proceso, es minimizado. Con modernas técnicas de secuenciación (ej. 454-Life Sciences pyrosequencing), cientos de miles o aún millones de “tags” (transcriptos) se pueden analizar en un solo experimento produciendo perfiles de transcripción de alta cobertura. Los “tags” de 26 pb tienen varias ventajas sobre sus predecesores:
En síntesis, SuperSAGE es una técnica con el suficiente poder de resolución cuantitativo y cualitativo para llevar a cabo profundos análisis de expresion, dejando de lado multiples obstáculos metodológicos presentados por otras técnicas Referencias
Categoría: Genética |
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